进水中有许多可导致RO膜表面污染的物质，例如水合金属氧化物、含钙沉淀物、有机物及生物结垢。预处理的目的在于尽量减少这些物质。所以出现污堵时，需要对RO膜进行清洗。

反渗透和纳滤系统给水中的微生物会在膜表面沉降、凝结形成一层生物膜。一般来说生物膜的厚度若超过了一定界度就会形成生物污染。使得原水侧的通路阻力增大，原水和浓水之间的压差增加。同时，由于微生物膜阻挡，系统运行的有效压力也会减少，从而导致系统脱盐率的下降。以下这些消毒方法均含有氧化物质，适用于反渗透和纳滤系统前面的设备和管道。采用这些方法消毒后，必须清洗干净所有管路，确保没有氧化性物质之后，给水才能流入反渗透和纳滤系统。

膜元件的故障通常表现为膜性能下降、物理破损和化学劣化等现象。比较具有代表性的现象是膜元件脱盐率下降（产水电导率上升）、产水量变化（运行压力的增加或减少）和压力损失（压差）增加等。
查看运行条件以及数据，若发现系统运行已超出可运行范围，向用户提出改善要求。但往往因为原因不明确采取对膜元件进行分析的方法比较多。

铁离子以某种形式存在于许多水处理系统中，或在原水中，或在装置材料中，亦或以铁细菌形式存在（此情况很少）。若不加适当处理，就会在反渗透膜表面富集，引起反渗透膜的污染。铁污染会降低反渗透系统的产水量和脱盐率，造成膜压差增加，从而增加膜的清洗次数和操作费用，降低装置效率，因此减少或消除铁离子污染以获得反渗透系统的稳定运行是绝对必要的。

反渗透系统运行时，进水中含有的悬浮物质，溶解物质以及微生物繁殖等原因都会造成膜元件的污染。反渗透系统的预处理应尽可能的除去这些污染物质，尽量减低膜元件污染的可能性。

当超滤膜用于工业水处理时，选择中空纤维超滤膜组件最重要的指标是膜丝材质的化学稳定性、亲水性、过滤孔径和机械强度。