膜生物反应器的运行控制参数主要有污泥浓度、有机负荷、污泥龄、溶解氧、pH值、温度等。

       对污泥浓度，众多研究成果表明，一定条件下的污泥浓度越高，膜通量越低；在好氧MBR中，有机负荷的增加对于出水水质容易受有机物负荷到的影响。

       污泥龄对膜生物反应器污泥特性及膜污染的影响，有文献指出MBR中SRT的变化是引起污泥混合液特性变化的根本原因，SRT对胞外聚合（EPS）总量紧密黏附胞外聚合物（TB）的含量及其中蛋白质与多糖的比例有多重要影响，从而影响着污泥混合液的物理、化学和生物特性，综合考虑膜污染阻力和污泥特性，膜生物反应器的污泥龄应控制在优势菌最小世代时间的120倍以下。

       曝气量的变化对COD去除没有太大的影响，也就是说在低曝气量和高曝气量条件下，有机碳源可以氧气和硝氮为电子受体而生物降解。短期缺氧也可以取得良好的出水效果，但时间过长出水异味。pH值6.5~7.8、水温20~24℃为宜。