反渗透和纳滤系统给水中的微生物会在膜表面沉降、凝结形成一层生物膜。一般来说生物膜的厚度若超过了一定界度就会形成生物污染。使得原水侧的通路阻力增大，原水和浓水之间的压差增加。同时，由于微生物膜阻挡，系统运行的有效压力也会减少，从而导致系统脱盐率的下降。以下这些消毒方法均含有氧化物质，适用于反渗透和纳滤系统前面的设备和管道。采用这些方法消毒后，必须清洗干净所有管路，确保没有氧化性物质之后，给水才能流入反渗透和纳滤系统。

        1.紫外线杀菌
        采用紫外线杀菌完全没有药剂残留，也没有副产物的生成。消毒效果会依据作用对象的不同而不同。采用UV253.7在1-21mJ/cm²的照射剂量下可以进行细菌消毒（90%不活化）。

        2.药品杀菌
        · 氯消毒
        用氯消毒的方式效果明显，在处理上也很容易实现，对效果的确认可以用余氯残留量后者会浓度测定。因为易于管理而被广泛运用。但氯会和腐殖质等溶解性有机物发生反应，产生三卤代烷烃（THM）等对人体有害的副产物，目前已经有许多替代氯的消毒剂。
        · 二氧化氯消毒
        二氧化氯（CIO₂）作为消毒剂使用越来越广泛，由于其物理、化学性质上的不稳定性使其无法贮藏，因此都在现场通过反应生成CIO₂并直接使用。
        · 氯氨消毒
        氯氨在市场上没有单独销售，一般采用在原水中同事注入氨氮和氯，在某些氨氮含量较高的水体中可以直注入氯，生成氯氨。用氯氨消毒时，不会生成过多的类似于THM的有害物质，比较安全。
        · 臭氧消毒
        被臭氧（O₃）处理过的水，如果含有溴化物则会生成次溴酸根离子（BrO-），进而生成溴酸离子跟(BrO₃-)。(BrO₃-被确认有致癌性，为回避风险不推荐使用臭氧杀菌。