通常，某些深井水中溶解氧含量较低且呈还原态，pH值一般偏碱性，其典型特点是含有二价的铁离子和锰离子。溶解性的Fe2+一般不会引起污染，但井水中的Fe2+接触到氧化性物质（如余氯）或与大气接触后被氧化成Fe3+，易形成Fe(OH)3等氧化物或与水体中的溶解态硅形成硅酸铁，造成反渗透系统性能的下降。井水中Fe2+易发生的氧化反应如下：         含有H₂S的井水中，Fe²⁺含量很低，只要确保反渗透浓水中不会形成FeS，就不会发生膜污染。若Fe²⁺氧化为Fe³⁺，就会有不溶性铁氧化物如Fe(OH)₃、FeOOH和Fe₃O₄形成。铁离子氧化物能长期以胶体散状物存在，由于胶体氧化物的分子及其微小，即使反渗透进水SDI＜5，进水中亚铁离子含量低于0.1ppm，反渗透系统仍然会出现铁污染问题。
   
        为了防止反渗透系统铁污染的预防，可采取如下措施：
        1、含Fe²⁺的井水通常都含少量的溶解氧，如不暴露于空气中，或不与氧化性物质接触，可通过加酸降低pH至6以下来防止Fe²⁺的氧化，加酸可允许反渗透给水中的二价铁离子达到4ppm而不使RO膜污染。 
        2、原水可通过投加杀菌剂，防止铁细菌滋生，避免铁细菌将Fe²⁺氧化成Fe³⁺。
        3、用抗腐蚀材料代替能产生铁腐蚀产物的现用材料，如不经济，可通过反渗透预处理去除这些腐蚀产物。
        4、除铁可通过加氯等氧化剂使Fe²⁺氧化成易被过滤的物质，由于铁胶体氧化物非常微小，因此过滤之前需加混凝剂。典型的预处理为在多介质过滤器进水中投加混凝剂，集混凝—絮凝—过滤于一体，可有效去除已形成的铁胶体氧化物。
        此外，当进水中铁离子含量＜0.05ppm时，可采用强酸阳离子树脂吸附。当铁离子含量为0.05～2ppm时，可采用锰砂过滤器过滤，锰砂过滤器能够将Fe²⁺氧化并同时进行过滤，可有效预防反渗透的铁污染。