给水进入反渗透系统后分成两路，一路透过反渗透膜表面变成产水，另一路沿反渗透膜表面平行移动并逐渐浓缩，在这些浓缩的水流中包含了大量的盐分，甚至还有有机物、胶体、微生物和细菌、病毒等。在反渗透系统正常运行时，给水/浓水流沿反渗透膜表面以一定的流速流动，这些污染物很难沉积下来，但是如果反渗透系统停止运行，这些污染物就会立即沉积在膜的表面，对膜元件造成污染。

       所以要在反渗透系统中设置自动冲洗系统，定期利用干净的水源对膜元件表面进行低压大流量冲洗，可防止这些污染物的沉积，有效降低污染速度，延长化学清洗周期。冲洗是要注意高流量（或大流量）有利于提高冲洗效果，但不应使元件或压力容器两端的压差超过最高规定值，否则容易造成末端膜元件损坏。
    
       反渗透系统运行时的冲洗主要分为以下几步：
       一、开机时冲洗
       系统开机时以低压、低流量的给水排出残留在膜元件及压力容器中的空气。给水泵启动后慢慢打开给水阀门调节流量，浓水管出口或流量计处不再有气泡冒出时将流量升高，冲洗30分钟左右。冲洗过程中浓水及产水应全部排放。冲洗过程中不要添加阻垢剂等药品，但若给水中有余氯则要充分添加SBS。
       二、停机时冲洗
       当系统停运时，必须用产水或高品质的进水冲洗整个膜系统，以便将高含盐量的浓水从压力容器和膜元件内置换掉，直到浓水出水电导接近进水电导（大约需要5~15分钟），冲洗应在约3.0bar（40psi）低压下进行。
       三、运行过程中预防性冲洗
       在阻垢剂阻垢正常的情况下，系统可以长期连续运行，无需专门停机冲洗。否则可以每运行30分钟低压冲洗30秒。